units           metal          # Angstrom, eV, ps, bar
boundary        p p p          # Περιοδικό σύστημα.
atom_style      atomic         # Τύπος σωματιδίων στην προσομοίωση.

#-----------------------------------------------------------------------
#  Κρυσταλλικό σύστημα και πλεγματική σταθερά.
#-----------------------------------------------------------------------
lattice         fcc 3.6

#-----------------------------------------------------------------------
#  Επανάληψη στις τρείς διευθύνσεις και τοποθέτηση ατόμων.
#-----------------------------------------------------------------------
region          my_box block 0 5 0 5 0 5
create_box      1 my_box
create_atoms    1 box
displace_atoms  all move 0.9 0.9 0.9 units box

#-----------------------------------------------------------------------
#  Ορισμός δυναμικού αλληλεπίδρασης.
#-----------------------------------------------------------------------
pair_style      eam
pair_coeff      * * Cu.eam 

#-----------------------------------------------------------------------
#  Ποιές θερμοδυναμικές πληροφορίες θα εμφανίστούν στην οθόνη.
#-----------------------------------------------------------------------
thermo_style    custom step temp pe press lx ly lz
thermo          1

#-----------------------------------------------------------------------
#  Ορισμός στατιστικού συνόλου (μικροκανονικό NVE).
#-----------------------------------------------------------------------
fix             my_nve all nve

#-----------------------------------------------------------------------
#  Ορισμός αρχικών ταχυτήτων.
#-----------------------------------------------------------------------
velocity        all create 1800 4928459 mom yes rot yes dist gaussian

#-----------------------------------------------------------------------
#  Χρονικό βήμα (σε ps)
#-----------------------------------------------------------------------
timestep        0.005

#-----------------------------------------------------------------------
#  Πως να γράφεται η τροχιά.
#-----------------------------------------------------------------------
dump            my_trajectory0 all custom 5 t0.lammpstrj id x y z type
dump_modify     my_trajectory0 sort id
#
#-----------------------------------------------------------------------
#  Αρχική ισορροπία του συστήματος.
#-----------------------------------------------------------------------
run             1000
undump          my_trajectory0

#-----------------------------------------------------------------------
#  Πως να γράφεται η τροχιά.
#-----------------------------------------------------------------------
##dump            my_trajectory all custom 5 t.lammpstrj id x y z type
##dump_modify     my_trajectory sort id

#-----------------------------------------------------------------------
#  Παραγωγή τροχιάς.
#-----------------------------------------------------------------------
##run             1000
##undump          my_trajectory

#-----------------------------------------------------------------------
#  Δημιουργία επιφάνειας.
#-----------------------------------------------------------------------
##change_box      all z final -50 50 units box
##change_box      all z delta 0 20 units box

#-----------------------------------------------------------------------
#  Ισορροπία επιφάνειας.
#-----------------------------------------------------------------------
##run             1000

#-----------------------------------------------------------------------
#  Ορισμός νέου αρχείου για την τροχιά.
#-----------------------------------------------------------------------
##dump            my_surface all custom 5 s.lammpstrj id x y z type
##dump_modify     my_surface sort id

#-----------------------------------------------------------------------
#  Παραγωγή τροχιάς με επιφάνεια.
#-----------------------------------------------------------------------
##run             1000
##undump          my_surface

#-----------------------------------------------------------------------
#  Προσθήκη προσροφημένου ατόμου.
#-----------------------------------------------------------------------
##create_atoms    1 single 9.0 9.0 19.5 units box

#-----------------------------------------------------------------------
#  Ορισμός νέου αρχείου για την τροχιά.
#-----------------------------------------------------------------------
##dump            my_addatom all custom 5 a.lammpstrj id x y z type
##dump_modify     my_addatom sort id

#-----------------------------------------------------------------------
#  Παραγωγή τροχιάς με το προσροφημένο άτομο.
#-----------------------------------------------------------------------
##run            10000