#------------------------------------------------------------------------------ # Αρχεία εισόδου. #------------------------------------------------------------------------------ parmfile mol1.prmtop # Αρχείο παραμέτρων. ambercoor mol1.inpcrd # Αρχείο συντεταγμένων. #------------------------------------------------------------------------------ # Αρχικές ταχύτητες #------------------------------------------------------------------------------ temperature 600 seed 132753 #------------------------------------------------------------------------------ # Ρυθμίσεις για τα αρχεία εξόδου. #------------------------------------------------------------------------------ outputname out1 binaryoutput no dcdfreq 1 # Κάθε πόσα βήματα να γράφεται η τροχιά. wrapall on outputEnergies 1 # Κάθε πόσα βήματα να γράφονται οι ενέργειες. #------------------------------------------------------------------------------ # Δυναμικό αλληλεπίδρασης. #------------------------------------------------------------------------------ amber on exclude scaled1-4 1-4scaling 0.83333333 #------------------------------------------------------------------------------ # Ρυθμίσεις εμβέλειας αλληλεπιδράσεων VdW. #------------------------------------------------------------------------------ switching off cutoff 10.0 #------------------------------------------------------------------------------ # Ρυθίσεις θερμοστάτη. #------------------------------------------------------------------------------ langevin on langevinDamping 5 langevinTemp 300 # Θερμοκρασία. #------------------------------------------------------------------------------ # Οι δεσμοί βαρέων ατόμων με υδρογόνα να μένουν σταθεροί. #------------------------------------------------------------------------------ rigidBonds all useGroupPressure yes #------------------------------------------------------------------------------ # Κάθε πότε να υπολογίζονται μη δεσμικές και ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις. #------------------------------------------------------------------------------ stepspercycle 10 # Πόσα βήματα σε κάθε κύκλο nonbondedFreq 1 # Κάθε πόσους κύκλους υπολογίζονται οι # μη δεσμικές αλληλεπιδράσεις. fullElectFrequency 1 # Κάθε πόσους κύκλους υπολογίζονται οι # ηλεκτροστατικές δυνάμεις. #------------------------------------------------------------------------------ # Χρονικό βήμα σε fs. #------------------------------------------------------------------------------ timestep 2.0 #------------------------------------------------------------------------------ # Πλήθος βημάτων Μοριακής Δυναμικής. #------------------------------------------------------------------------------ numsteps 50000