#------------------------------------------------------------------------------ # Αρχεία εισόδου. #------------------------------------------------------------------------------ parmfile mol2.prmtop # Αρχείο παραμέτρων. ambercoor mol2.inpcrd # Αρχείο συντεταγμένων. extendedSystem box.xsc # Αρχείο με το μέγεθος του κουτιού. #------------------------------------------------------------------------------ # Αρχικές ταχύτητες #------------------------------------------------------------------------------ temperature 600 seed 132753 #------------------------------------------------------------------------------ # Ρυθμίσεις για τα αρχεία εξόδου. #------------------------------------------------------------------------------ outputname out2 binaryoutput no dcdfreq 10 # Κάθε πόσα βήματα να γράφεται η τροχιά. wrapall on outputEnergies 1 # Κάθε πόσα βήματα να γράφονται οι ενέργειες. xstFreq 1 # Κάθε πόσα βήματα να γράφεται το μέγεθος του κουτιού. #------------------------------------------------------------------------------ # Δυναμικό αλληλεπίδρασης. #------------------------------------------------------------------------------ amber on exclude scaled1-4 1-4scaling 0.83333333 #------------------------------------------------------------------------------ # Ρυθμίσεις εμβέλειας αλληλεπιδράσεων VdW. #------------------------------------------------------------------------------ switching off cutoff 10.0 #------------------------------------------------------------------------------ # Ρυθίσεις θερμοστάτη. #------------------------------------------------------------------------------ langevin on langevinDamping 5 langevinTemp 300 # Θερμοκρασία. #------------------------------------------------------------------------------ # Ρυθμίσεις βαροστάτη. #------------------------------------------------------------------------------ langevinPiston on langevinPistonTarget 1.0 # Πίεση σε bar. langevinPistonPeriod 100 langevinPistonDecay 50 langevinPistonTemp 300 # Θερμοκρασία. margin 5.0 #------------------------------------------------------------------------------ # Οι δεσμοί βαρέων ατόμων με υδρογόνα να μένουν σταθεροί. #------------------------------------------------------------------------------ rigidBonds all useGroupPressure yes #------------------------------------------------------------------------------ # Ρυθμίσεις για τον υπολογισμό των ηλεκτροστατικών αλληλεπιδράσεων. #------------------------------------------------------------------------------ PME yes PMEGridSizeX 32 PMEGridSizeY 32 PMEGridSizeZ 32 #------------------------------------------------------------------------------ # Κάθε πότε να υπολογίζονται μη δεσμικές και ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις. #------------------------------------------------------------------------------ stepspercycle 10 # Πόσα βήματα σε κάθε κύκλο nonbondedFreq 2 # Κάθε πόσους κύκλους υπολογίζονται οι # μη δεσμικές αλληλεπιδράσεις. fullElectFrequency 2 # Κάθε πόσους κύκλους υπολογίζονται οι # ηλεκτροστατικές δυνάμεις. #------------------------------------------------------------------------------ # Χρονικό βήμα σε fs. #------------------------------------------------------------------------------ timestep 2.0 #------------------------------------------------------------------------------ # Πλήθος βημάτων Μοριακής Δυναμικής. #------------------------------------------------------------------------------ numsteps 50000