#  ---------------------------------------------------------------------
#  Ορισμός πεδίου δυνάμεων.
#  ---------------------------------------------------------------------
source leaprc.gaff

#  ---------------------------------------------------------------------
#  Διάβασμα του αρχείο με το μόριο.
#  ---------------------------------------------------------------------
MOL = loadMol2 ethanol.mol2

#  ---------------------------------------------------------------------
#  Έλεγχος αν το πεδίο δυνάμεων έχει όλες τις απαιτούμενες παραμέτρους.
#  ---------------------------------------------------------------------
check MOL

#  ---------------------------------------------------------------------
#  Προσθήκη διαλύτη γύρω από μόριο.
#  ---------------------------------------------------------------------
solvatebox MOL MOL 14

#  ---------------------------------------------------------------------
#  Αποθήκευση συντεταγμένων για οπτικοποίηση με το VMD.
#  ---------------------------------------------------------------------
saveMol2 MOL mol2.mol2 0

#  ---------------------------------------------------------------------
#  Αποθήκευση αρχείου παραμέτρων και συντεταγμένων για το NAMD.
#  ---------------------------------------------------------------------
saveAmberParm MOL mol2.prmtop mol2.inpcrd

quit