Διδάσκων

Δ. Παπαγεωργίου	Γραφείο: Π11	Email:
	Μεταβατικό κτήριο

Ύλη μαθήματος

Διαφάνειες διαλέξεων

Υλικό εργαστηριακών ασκήσεων

• Άσκηση 1: Στατικοί υπολογισμοί σε μέταλλα.
  • Διαφάνειες (Τελευταία ενημέρωση: 4 Apr 2017 10:30:36 )
  • Αρχεία εισόδου LAMMPS: static.in
  • Αρχείο δυναμικού ΕΑΜ: Cu.eam
    Embedded-atom-method functions for the fcc metals Cu, Ag, Au, Ni, Pd, Pt, and their alloys,
    S.M. Foiles, M.I. Baskes and M.S. Daw, Phys. Rev. B, 33, 7983 (1986).
• Άσκηση 2: Ιδιότητες μετάλλων από προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής.
  • Διαφάνειες (Τελευταία ενημέρωση: 19 May 2017 22:47:18 )
  • Αρχεία εισόδου LAMMPS: md.in, lc.in
  • Αρχείο δυναμικού ΕΑΜ: Cu.eam
    Embedded-atom-method functions for the fcc metals Cu, Ag, Au, Ni, Pd, Pt, and their alloys,
    S.M. Foiles, M.I. Baskes and M.S. Daw, Phys. Rev. B, 33, 7983 (1986).
• Άσκηση 3: Ιδιότητες οργανικών από προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής.
  Structure and Dynamics of Liquid Ethanol, J. Phys. Chem. B 1997, 101, 78-86.
  • Διαφάνειες (Τελευταία ενημέρωση: 19 May 2017 22:47:43 )
  • Αρχεία περιγραφής μορίων: ethanol.mol2, benzene.mol2
  • Αρχεία εισόδου tleap: t1.in, t2.in
  • Αρχεία εισόδου NAMD: n1.in, n2.in, box.xsc

Επιπλέον υλικό

• Αρχεία δυναμικών EAM: Ag.eam, Au.eam, Ni.eam, Pd.eam, Pt.eam, Al.eam
• Αρχεία περιγραφής μορίων: Αιθανοδιόλη, Αιθαναμίνη (T=0^oC), Τολουόλιο, Φαινόλη (T=100^oC), Θειοφαινόλη
• Ερωτήσεις ανακεφαλαίωσης

Χρήσιμοι σύνδεσμοι

• Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (LAMMPS)
• VMD - Visual molecular dynamics
• NAMD - Scalable molecular dynamics
• AmberTools
• Περιοδικός πίνακας των στοιχείων
• Μετατροπές μονάδων
• Φυσικές σταθερές